Encontra-se ao leste da área metropolitana da cidade de Madrid, na confluência dos rios Henares e Jarama.
O centro da capital está a uma distância de 17 km desta, em direcção oeste. Como ocorre em muitos outros municípios da região, a agricultura era a actividade tradicional baseada na grande necessidade de abastecimento da grande região madrilena, que tem vindo a ser substituída pelo poder do sector industrial.
De facto, San Fernando de Henares é um dos povoados do corredor de Henares onde o sector secundário é mais activo. Essa mudança de tendência tem sido acompanhada por um notável aumento demográfico, a partir da década dos anos 70 do século passado, que fez com que o seu número de habitantes superasse o total de 39.000. A área de expansão urbana do núcleo habitado limita já com o município de Coslada, razão pela qual ambos povoados parecem unir-se formando uma única cidade.
Parte da sua região municipal está dentro de um espaço natural protegido, o parque regional situado em torno aos eixos dos cursos baixos dos rios Manzanares e Jarama, comummente conhecido como Parque Regional do Sudeste. Neste sentido, no povoado localiza-se a sede de um dos centros de educação ambiental criados para servir de preâmbulo ao próprio parque: o Centro de Educação Ambiental Caserío de Henares, situado nos arredores do núcleo principal do povoado de San Fernando, numa quinta da veiga do rio Henares, já no interior do espaço natural. Conta com uma sala de aula, uma sala de exposições, uma zona de recreio, zonas de ócio e itinerários educativos pela ribeira do rio Henares.
O assentamento humano nesta região data do neolítico, tal como demonstram os jazigos arqueológicos locais. Mas o verdadeiro nascimento de San Fernando de Henares ocorreu em 1746, quando o rei Felipe V ordenou que fosse criada uma fábrica de têxteis finos, do mesmo modo que outras fábricas reais que foram criadas em Espanha, num lugar perto da cidade de Madrid e de Alcalá de Henares chamado Torrejón de la Ribera.
A partir dessa data, e sobretudo no início, a fábrica e o traçado do novo núcleo iam evoluindo par a par, mas o projecto falhou antes de ter sido totalmente iniciado.
Em 1868, o município deixou de pertencer à monarquia, deixou de ser o Real Sítio de San Fernando de Henares, e constituiu a sua própria Câmara Municipal.
Alguns monumentos de interesse do município são: o castelo de Aldovea, declarado património de interesse cultural em 1949, e o próprio núcleo urbano primigénio da região, que desde 1983 é conjunto histórico.
O castelo de Aldovea é na realidade duas coisas em uma: um castelo e um palácio.
Primeiro foi uma fortaleza durante a época da Reconquista, no final do século XI, ou princípio do século XII, para defender a ribeira do Henares.
No século XVIII os seus proprietários decidiram construir nesse local, onde se localizavam os restos do castelo decadente, um palácio. Ao passo que este último se conserva em bom estado, lamentavelmente pouco ou nada resta do castelo.
Ao ser propriedade privada, não é possível visitar o seu interior. No que se refere ao núcleo urbano, que foi declarado conjunto histórico, tudo foi edificado ao redor da fábrica de têxteis, isto é, as vivendas dos trabalhadores da fábrica, a praça quadrada que havia na frente da fábrica, hoje Praça de Espanha, unida por meio de um eixo com outra praça, redonda, e actual Praça de Fernando VI. Da fábrica resta apenas a sua fachada principal, actual edifício da Câmara.
Para terminar este passeio, em San Fernando de Henares podemos desfrutar de um importante parque aquático, o Aquópolis.